Windowsでもパーティションを切りますが、再インストール時にデータを消さない為程度の理由です。

UNIXな世界では、割り当てるディレクトリの性質に合わせてパーティションを切ります。UNIX自体が古く、一台のHDDで構成するより小容量のHDDを継ぎ足しして使う事が出来る事が便利だったというのもあるのかもしれません。

また、pc向けBSD系の独自の仕掛けの一つとして、スライスとパーティションがあります。AT互換機上、１つのHDDを区切る時にBIOSの仕様で、基本パーティションは４つまでしかもてません。

FreeBSDでは、このBIOS上のパーティションをスライスと呼び、その中に、FreeBSDだけが管理するパーティションを持ちます。このパーティション情報は、FreeBSDの外からでは分かりません。

パーティションとswap領域

HDDの外側はアクセスが速くなるそうなので、頻繁にアクセスされる領域は、なるべく外側に用意したいところです。

FreeBSD ハンドブック Chapter 6. 設定とチューニング が参考になります。

経験からスワップサイズはメインメモリの 2 倍というのが一般的です. つまり, 計算機のメモリが 128 メガバイトならばスワップファイルは 256 メガバイトになります. メモリの少ないシステムでは, もっとスワップを増した方が性能がよくなります. 256 メガバイト未満のスワップでシステムを設計することはお薦めできません. またスワップサイズを決める時に, 将来のメモリ増設のことも考えておくべきです. カーネルの VM (訳註: virtual memory(仮想メモリ)) ページングアルゴリズムはスワップパーティションがメインメモリの 2 倍以上存在するときに最も性能を発揮するように設計されています. スワップが少なすぎる設定は, あなたが後にメモリを増設したときに問題を起すばかりではなく, VM ページスキャニングのコードを能率を落します.

最後に, 複数の SCSI ディスク (や異なるコントローラで操作される複数の IDE ディスク) を持つ大規模なシステムでは, それぞれのドライブ (4 台まで) にスワップを設定することを強く推奨します. 各ドライブのスワップパーティションはほぼ同一サイズであるべきです. カーネルは任意のサイズを扱うことができますが, 内部のデータ構造は最大のスワップパーティションの 4 倍に調節されます. スワップパーティションをほぼ同一のサイズにしておくことで カーネルはスワップスペースを最適なかたちで ディスクをまたいでストライブさせることができます. こだわりすぎる必要はありません. スワップスペースは UNIX のつつましい美点です. あなたが通常スワップをたくさん使わないとしても, プログラムが暴走してもリブートさせられる前に回復する時間を多く得られます.

ということなので、それなりにメモリを積んだら、それなりにスワップは用意したほうがよさげです。

/ パーティション

root ファイルシステムは、FreeBSD4.x以降 118M 以上必要です。/etc,/root 等に大きいファイルを作らないよう気をつけましょう。

基本的には、更新は少ないですが、書き込み禁止にはできないでしょう。

/usr パーティション

/usr 以下には色々とディレクトリが作られます。このときに /usr 自体と /usr/local,/usr/X11R6 等は分けておいて書き込み頻度を下げておくのも手かと思われます。

ソースをつかってOSを構築する場合、 /usr/src /usr/obj が必要になります。/usr/src 自体の更新頻度は低いですが、/usr/obj は コンパイルに使われるのである期間内ではファイルの更新が多くなります。

ports を使う場合は、/usr/ports と /usr/ports/distfiles を分けたほうがよいでしょう。/usr/ports は使用すると portsツリー自体を更新する上にコンパイル時にもports がそのまま使われるので /usr と分けたほうがよろしいかと思います。

/var パーティション

/var パーティションは、ログなどの更新が激しいファイルが置かれる所です。データベースファイルなどもこのパーティション以下に置いたほうがよいでしょう。